1958 – 1966
Posteriormente, com a lei No 909 de 16 de junho de 1958, a Instituição passou a denominar-se Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade do Rio de Janeiro (URJ). Em 1961, com a transferência do Distrito Federal para Brasília, a denominação passou a ser Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade do Estado da Guanabara (UEG). Em 1975, com a fusão dos estados do Rio de Janeiro e da Guanabara, surge a Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ).
Com a Lei da Reforma Universitária, houve a criação dos Institutos Básicos, dentre eles o Instituto de Matemática e Estatística, através da Resolução 296 de 14 de outubro de 1966, e o conseqüente desmembramento daquele núcleo inicial.
1968
O IME teve iniciadas as suas atividades em 1968, de forma bem modesta e sem nenhuma infra-estrutura, com apenas uma funcionária. Funcionava numa sala da antiga Faculdade de Engenharia, na rua Fonseca Teles, somente a partir das 16 horas. Teve como seu primeiro Diretor o Professor Haroldo Lisboa da Cunha.
Depois de dois anos, o IME transferiu-se para o 4º andar do Pavilhão Haroldo Lisboa da Cunha (“Haroldinho”), até o término da construção do atual campus da UERJ, quando transferiu-se definitivamente para o 6º andar do Pavilhão João Lira.